Alteración de URL al posicionar, que hago

Muy buenas foro:

Resulta que estoy posicionando un subdomonio ejemplo: www.cuba.viajand(.)com y todo el contenido dentro de este subdominio se redirige a carpetas ejemplo: www.viajand(.)com/cuba/ en vez de hacerlo hacia el subdominio, esto fue un problema de el diseñador, pero bueno.

El caso es que estoy posicionando el subdominio, hasta hoy bien pero de repente en vez de mostrar en google www.cuba.viajand(.)com se muestra así: www.viajand(.)com/Cuba/

Con lo cual me pregunto, que hago?? Sigo mandando enlaces a el subdominio o a la carpeta??

Si al entrar redirecciona a la carpeta es mejor que posiciones la carpeta...
El trabajo que haces al subdominio de todas formas no lo perdes ya que google interpreta la redireccion y hace que el seo impacte en la carpeta.

Saludos