No se sí esto te ayude pero ahí vamos:
-Cuando agregaste Analytics, tuviste que agregar un código a tu web.
-Es como que Analytics cuenta cada visita cuando se ejecuta ese código.
-Sí cuando se carga una de tus subcarpetas, ejemplo dominio.com/clasificados, no se carga una página que contenga ese código metido adentro, entonces la visita entra y Analytics no se entera.
Pienso:
-No se sí usas WP o Blogger, supongo que WP.
-Hay que ver como meter el mismo código en la web que se carga cuando alguien entra en dominio.com/clasificados
-No la tengo del todo clara pero creo que por ahí va la cosa
A lo mejor alguien que use subcarpetas pueda ayudarte mejor, yo no las uso.