estas usando de manera errada la fucnion urlencode, yo personalmente nunca la he usado, pero si no me equivoco la funcion funciona para poder pasar variables por la url.
cuando queremos pasar una variable por la url y ella contiene simbolos que podrian ser interpretados de ota manera por el servidor web, / por 2% = por 3%D...
En este caso no deberias usar url encode, porque estas convirtiendo el / por un %2 ... No se si me explique de la mejor forma.. Espero te ayude, saludos..
El siguiente codigo funciona:
PHP:
<?
$web = "forobeta.com/newthread.php?do=newthread&f=130";
//$a = urlencode($web);
echo "<a rel='nofollow' href='http://www.".$web."'>Clic aquí</a>";
?>