no necesitas borar ni volver a subir la BD ni nada, solo tienes que cuando subas los ficheros configurar el config.php con los datos de la BD y listo.
Ten especial cuidado con el tema del theme, si ahora tienes otro vuelve a poner el que tenias por defecto ya que al subir los ficheros originales y no estar el theme te lanzaria error.
En teoria tienes razon pero ya que se ha gastado el dinero casi siempre sera mejor empezar con una instalacion limpia y tampoco creo que sea una base muy grande ya que llevava poco tiempo.
La copia de la base debes hacerla mejor desde mysql,hacerlo desde tu admincp no da buenos resultados.
Saludos