Podrías mostrar como se ve tu archivo? creo que se que te sucede.
Bien a ver si es lo que creo, son iframes que se crean enlazando una pagina con un virus. estos suben desde TU PROPIA COMPUTADORA atravez del FTP, ya que son virus spyware y malware que se encuentran en tu PC que toman la contraseña de tu FTP y entran y modifican tus index, etc, me ha pasado muchas veces ya por eso se lo que digo...
Un amigo hace una semana le paso algo asi, y los de HostGator le recomendaron que bajara unos programas antispyware y antimalware, varios por que algunos no detectan los virus, y luegos de borrados, cambie la contraseña de su cuenta hostgator y ftp para que no siga sucediendo.
Espero te halla ayudado en algo