Ayuda con unas dudas

Hola a Todos
Queria preguntaros unas dudas que tengo, leyendo los post me asaltan mas dudas. Tengo un sitio nuevo casi dos meses empezo a subir y de repente bajaron las visitas leido en el post puede ser tiempo de gracia de google, enlaces a mi web malos, etc
Mis dudas
en google pongo site:misitio.com me sale pagina principal y luego las demas son de un subdominio que tengo.
Links a mi web pueden rebajarme las posiciones?
Gracias a Todos

Los links a tu web en un principio son positivos pero si google ha detectado que esos enlaces son spam si que pueden llegar a sentarle mal a tu web.