AYUDA. tengo un problema con mis archivos aunque que se termine de eliminar.

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Todos los directorios que empiezan por un "." (punto) son directorios ocultos. Para volver a ocultarlos, en las opciones del administrador de archivos, solo desmarca "mostrar directorios/carpetas ocultas".
No te recomiendo borrar esas carpetas, ya que las crea el propio sistema, de no saber que son y que es lo que estás haciendo, no las borres.
Saludos 🙂