Durante varios dias en diciembre del año pasado uno de mis sitios sufrio un caso como el que contas. El sitio era nuevo y tenia pocas visitas. Sin embargo recibio un dia 47 clicks y al siguiente 75, lo que dio un CTR de 522% y 1250%, respectivamente. Le envie un mensaje a Google advirtiendole del problema con un screenshot de las direcciones IP que visitaron el sitio en ese periodo.
Lo que recomiendo es revisar una vez por dia el CTR del dia anterior y ver si, en caso de tener varios sitios, el CTR de ese sitio se encuentra muy por encima del promedio. Yo antes revisaba solo la ganancia total, no de cada sitio, por lo que tarde dos dias en darme cuenta del problema. Si notas algun problema, tenes que enviarle un mensaje a Google inmediatamente. Aun si Google es capaz de controlar este tipo de accion, es importante que cada webmaster tambien lo controle.