Dudo que eso sea así. Ya que cloudflare lo que hace es ayudarte con la carga del sitio web. En lo que si podrías notar cambios es en el tiempo de carga del mismo.
Si afecta como dice el usuario de arriba aumenta el rebote yo hice varias pruebas con esa opción activada un día completo varias veces y las visitas bajaban solo debes activarla cuando estas bajo un ataque si no, no merece la pena que lo actives.