Puede ser por varios motivos, uno muy común es que no considere todas las páginas canónicas, es decir, que el contenido sea muy parecido entre unas con otras y Google solo indexe las que cree que son más relevantes. También estaría bien que le buscases algún que otro enlace para darle un empujoncito extra (también mejoraría tu posicionamiento) y, como no, hacer enlaces internos que apunten a las diferentes páginas del sitio (sobre todo desde la portada).
Si además de todo eso le metes un sitemap al Search Console... te dan un diploma SEO :3