Los datos de SEO Spyglass son extraídos de Site Search de Yahoo. De hecho es la mejor forma de obtener los enlaces, ya que haciendo link:sitio.com en Google, solo devolverá una pequeña parte de ellos; si son los dueños de dicho dominio, pueden ver los enlaces desde Webmaster Tools.
Por curiosidad, los enlaces de Yahoo Site Explorer, y de los programas que dependen de ese sitio (como SEO Spyglass), se limitan a 1000, así que no es una forma de ver todos los enlaces, pero al menos ya es algo.
Diferentes formas de hacer las cosas, mismos resultados.