Hola
@jhandry
Espero no desvirtuar, de ser así avísame para eliminar mi comentario.
Si deseas aplicar un descuento de cualquier producto siempre y cuando seleccionen un método de pago, tienes 2 opciones gratuitas:
https://wordpress.org/plugins/woo-payment-discounts/
https://wordpress.org/plugins/woocommerce-payment-discounts/
Si lo tuyo es determinar x, y, z productos que se paguen con determinado método de pago tienes una opción de pago llamada Conditional Discount Rules For WooCommerce Checkout de theDotstore.
Espero te sirva, si deseas desarrollo personalizado avísame.
Un Saludo,
