Depende, puede ser perjudicial con los tiempos de carga y en general si es que ya tienes todas las optimizaciones bien hechas en tu server. Hay que considerar que estás añadiendo un intermediario a las peticiones de tu web.
También está el hecho de la IP única, que se supone que ayuda al SEO (no soy SEO, así que no doy certeza de ello).
Luego si que hay casos en los que puede ayudar, por ejemplo:
Hace tiempo tuve un cliente alojado en google cloud, éste tenía muchísimas visitas (con hasta 10k online al mismo) y su sitio y server estaban bien optimizados, pero tenía un gasto tremendo por el uso de bandwidth. Como no era plan poner cloudflare a todo el sitio y ponerlo más lento (repito, la web y el server estaban bien optimizados), lo que hice fue aplicar el proxy de cloudflare solo al contenido estático (imágenes, js y css), que eran las cosas más pesadas de la web, con lo que el gasto de bandwidth se redujo muchísimo y pasó de pagas casi 1kUSD mensual a solo 40-60USD.
Eso a mi parecer es un caso donde cloudflare te puede ayudar mucho, desde luego no a todos los ayudará tanto. Igual he visto muchas webs ponerlo para el aviso de "I am under attack" para detener algún ataque, aunque eso solo detendría a algún script kiddie muy malo; Hacer un código que se salte esa protección de cloudflare es bastante sencillo (lo he probado ya en mis propios sitios web) y donde realmente está la potencia para detener ataques es en su firewall, que es excelente cuando estás en un proveedor que no te da dicha característica (En google, amazon, azure, digitalocean, etc. si lo tienes).
kj