Son cosas diferentes, usar un hook es agregar código a una función de wordpress que genera o imprime el contenido de manera dinamica en la pagina, osea no estas sobreescribiendo ningun archivo, si quieres agregar código al functions.php tienes que sí o sí editar un archivo y esto escapa de las funciones que te da wp (hasta donde yo se). Para hacerlo tendrías que usar funciones de php como file_put_contents (
https://www.php.net/manual/en/function.file-put-contents.php) aunque no te recomendaria ya que si no es un tema custom o child theme, al actualizar se perderian esos cambios, asi que tendrias que manejar bien en que momentos se ejecuta la escritura sobre el archivo, para igual no estar escribiendolo una y otra vez lo mismo sobre el archivo.
A todo esto, cual es el motivo por el que quieres agregar codigo al functions.php? normalmente cualquier código que escribas ahí puedes escribirlo en un plugin sin problema y funciona igual.