[MENTION=21382]Andres128[/MENTION] VestaCP no devuelve los permisos automáticamente de forma periódica pero a no ser que conserves una copia de seguridad de las modificaciones que estás realizando no se recomienda aplicar cambios, cada vez que se genere el SSL se restablecerá el vhost relacionado al mismo mientras que el vhost correspondiente al puerto 80 no.
También al realizar movimientos en las plantillas se restablecerán dichos permisos o configuraciones por lo que debes tener cuidado a la hora de realizar cambios en las plantillas vía VestaCP.
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La única forma de que se apliquen cambios permanentes en VestaCP con respecto a los vhost, es aplicando cambios directamente en archivos relacionados a estos:
Insertar CODE, HTML o PHP:
/usr/local/vesta/data/templates/web/nginx/php-fpm/wordpress2.stpl
/usr/local/vesta/data/templates/web/nginx/php-fpm/wordpress2.tpl
Pero ojos, debes tener el más mínimo cuidado y siempre guardar una copia de seguridad de cualquier cambio, así los dominios que hagas con plantillas como por ejemplo "Wordpress2" se les estará adicionado cualquier línea de código que especifiques en las plantillas fuente y a la hora de generar el SSL al menos el ".stpl" se generaría ya listo con los cambios aplicados.