Hola no creo que el ctr en si mismo sea el problema.. tu ctr es de 0.61 % si es muy bajo pero hoy en mi sitio el ctr estuvo en 0.68% y generé practicamente con las mismas visitas que tu 4 veces mas.
creo que la diferencia radica en el alto trafico que recibo de estados unidos cuyo cpc es de 0.11
en tu caso probablemente solo tengas trafico de paises como colombia argentina venezuela bolivia ecuador cuyo cpc ronda los 0.03 en promedio (influye la tematica pero estoy dando un promedio bastante general)
trata de promocionarte, si tu sitio es en español, en regiones de usa con alto porcentaje de poblacion latina.. de manera que te lean desde alla..
incluso con ese ctr, si la mitad del trafico que meustras fuera de usa ... hubieses tenido al menos el doble de lo que muestras con ese mismo ctr...