Si podría haber algún problemilla por ahí, dependiendo de la aplicación, pues algunas de ellas hacen un mayor uso que el resto de las propiedades de los archivos a nivel usuario. Me explico.
Si al instalar alguna aplicación no tuviste la idea de dejarla disponible para todos los usuarios, y sólo la instalaste para el usuario local (es decir, solo disponible para la cuenta con que realizabas la instalación), vas a comenzar a tener problemillas de mensajes de alerta de que no encuentra el directorio por default, o el directorio del usuario no está disponible, etc. etc.
Si llegase a ser el caso, bastará con desinstalar esa app en particular y volver a reinstalar con el nuevo usuario.