A grandes rasgos y si no te he entendido mal, lo que tienes que hacer es editar la plantilla que quieras o bien mediante la opción de "Publicidad" del panel de administración y elegir la posición. En el código a colocar tienes que especificar que es en los índices de los foros y después, poner el código que quieras. Es decir, algo como esto (para vB 3.x):
Insertar CODE, HTML o PHP:
<if condition="THIS_SCRIPT == 'index'">
[COLOR=#0000ff]CÓDIGO DEL BANNER QUE QUIERAS MOSTRAR[/COLOR]
</if>
Por si acaso, lo mismo, pero para vB4,
Insertar CODE, HTML o PHP:
<vb:if condition='THIS_SCRIPT == index'>
[COLOR=#0000ff]CÓDIGO DEL BANNER QUE QUIERAS MOSTRAR[/COLOR]
</vb:if>
De esta manera sólo se verá en el índice de foros, pero no en el resto de páginas (ni en la portada del CMS, ni en los blogs, ni en los hilos, ni en los mensajes, etc, etc, etc).
Un saludo, Gorgias.