Busca en google usa: how to create a wordpress theme o psd to wordpress tutorials, si no te encuentras con el ingles traducelos con el GTranslator.
En resumen es:
Diseñas la UI (interfaz de usuario) en Photoshop
Creas varios archivos php con estos nombres:
index.php / single.php /archive.php / search.php / category.php / page.php / header.php / footer.php /sidebar.php / functions.php / comments.php
Luego empiezas editando el index.php, ese debe llevar el codigo de un doc HTML normal, debes meterle estas tags en la etiqueta body:
<div id="header">
</div>
<div id="content">
</div>
<div id="sidebar">
</div>
<div class="clear"></div>
<div id="footer">
</div>
Luego creas un estilo style.css para estilizar tus divs, luego mueves lo que hay desde el principio hasta la tag body a header.php, lo que hay en el div id sidebar a sidebar.php, lo que haya desde el div de footer hasta el final del documento a footer.php y lo que quede se queda en index.php, luego para que el index llame por medio de php esas secciones metes tags de wordpress.
Luego derivas del index los archivos category.php, single.php, page.php, search.php, archive.php, al index en el div de content le debes meter el famoso loop, en si aqui el proceso es meter tags de wordpress php en el html de todos los documentos, hay archivos que necesitan un template como por ejemplo comments.php, buscas comments.php en gogole y te debe salir el codigo del theme default, tambien si quieres widgets en la sidebar dinamicos tienes que añadir codigo como este en el functions.php y luego llamarlo desde sidebar.php:
<?php if ( function_exists('register_sidebar') )
register_sidebar(array(
'name' => 'barralateral',
'before_widget' => '<div class="widget">',
'after_widget' => '</div>',
'before_title' => '<h2>',
'after_title' => '</h2>',
)); ?>
En fin para que cuento lo que no puedo ilustrar con palabras, buscalo tu mismo en google.
Programas:
Photoshop, Fireworks, Inkscape (si tienes un dibujo de lo que quieres y no hace falta para ti crear una UI no necesitas estos programas)
Intype, Dreamweaver, Coda (MAC), Aptana Studio, Notepad++, Komodo Edit, Textmate (MAC), cualquier editor de texto plano o con sintaxis te sirve, yo uso una combinacion de dreamweaver y el InType en Windows.
Tambien necesitas extensiones de navegador de ayuda:
Web Developer Toolbar para firefox, PixelPerfect, Yslow y por supuesto no corren estas dos sin el utilisimo Firebug, en chrome tambien estan estas dos, aunque el WDTbar no funciona del todo bien aqui, esta firebug lite y una extension llamada Pendule, tambien ocupas una extension para ver y seleccionar colores hexadecimales, algo para testear fuentes y una paciencia del demonio.
Tambien ocupas si quieres crear el theme y testear lo que llevas localmente, necesitas un servidor localhost, un programa como XAMPP o Appserv funciona de maravilla.