Hola, cuando hay que hacer troqueles no hay nada estándar (un troquel de corte no es lo mismo que un color adicional), llama a la imprenta y pregunta como mandar tu archivo, hay imprentas que piden un PDF con las lineas en negro de registro, yo acá en Chile he tenido que enviar el original para impresión con una linea roja marcada y en otras partes el original editable (ahora no se como será en otras partes), lo mejor es llamar y preguntar como enviar el archivo y si es posible enviar el archivo original con una maqueta de como debería verse el impreso.
Saludos.