Aportando al tema:
Los replies que enviamos no aparecen en el perfil público del destinatario. Los perfiles sólo muestra los tweets que ellos escriben, no los que reciben.
En la versión web de Twitter podemos ver los mensajes que nos envían en las opciones que se encuentran a la derecha, una de ellas es menciones, que aparece con @nombredeusuario y Direct Messages (Mensajes Directos).
Sin embargo, los clientes de escritorio habilitan en su mayoría notificaciones o columnas que se actualizan constantemente (prácticamente en tiempo real) en las que el usuario ve los mensajes públicos y privados que recibe.
Otra cosa, al enviar un reply no es necesario que el nombre del destinatario vaya al principio, si lo pones a mitad del mensaje, como, por ejemplo en "Hola @usuario, qué tal estás?", el mensaje aparecerá a todos tus seguidores; en cambio, si pones "@usuario Hola, qué tal estás?" el mensaje sólo será visible para el destinatario, así como para los seguidores que tengas y que, a la vez, sigan al destinatario en cuestión.
Espero sea de ayuda.
Saludos!