Esos enlaces se muestran para búsquedas muy concretas de tu sitio (generalmente búsquedas de marca), y se basan en las páginas que Google considera más importantes de tu sitio: generalmente, las más enlazadas internamente (aunque creo que también tiene en cuenta índices de tráfico). Dentro de webmaster tools puedes, desde "Acceso de la búsqueda/Enlaces del sitio", rebajar los enlaces que Google ha posicionado ahí si no los consideras interesantes, pero no puedes sugerir enlaces a mostrar