Cómo insertar JavaScript sin perder cambios al actualizar

Necesito ayuda. En general opto por ahorrarme la instalación de plugins cada vez que puedo. Hay veces en que toca insertar un código en la etiqueta head. Siempre seguí las instrucciones e inserté el código manualmente, pero al actualizar la versión del theme (uso twenty fourteen), se pierden estos cambios y otra vez a pegar el código nuevamente. Nunca usé plugins para esto. ¿Me conviene usar plugins para insertar estos códigos sin perder los cambias al actualizar versiones, y en ese caso, cuál recomiendan?

Buenas,

Te recomiendo que uses un Child Theme

Un Child theme o un plugin que agregue funciones a tus themes.

Creas una función que añada el código que tú le digas al header.