La forma más eficiente es poner enlaces acompañado de texto semánticamente relacionado. También en el lateral de las categorías puedes hacer una estructura de 3 bloques, primero los típicos filtros, luego otro menú personalizado con enlaces directos a tus categorías mas importantes (estas pueden ser subs categorías) y también 3 o 4 enlaces "custom" en el último bloque.
Al final da igual que sea PrestaShop o otro cms, todas las webs se basan prácticamente en lo mismo.
Espero haberte ayudado, si tengo tiempo te hago un "croqui" xD