Hay muchas cosas que como desarrollador puedes hacer para mejorar el SEO de tu página web.
En lo que respecta al etiquetado (h1, h2, títulos, alt, metadescripciones, etc) no hay gran diferencia con un sitio web desarrollado en un CMS habitual ya que si están bien desarrollados los CMS ofrecen buenas opciones para hacerlo todo correctamente. Sin embargo, dejando a un lado el gran salto que puedes conseguir en términos de velocidad al no cargar scripts y herramientas innecesarias como JS, CSS, jQuery, Mootools, etc todavía tienes un gran mundo ante ti.
La primera parte de ese mundo se llama W3C.
Los estándares W3C, que casi ningún sitio desarrollado sobre un CMS implementa bien, te ofrecen un montón de posibilidades para hacer que tu página sea 100% accesible por todo tipo de usuarios, bots y dispositivos. Sólo implementar eso bien, si lo haces bien de verdad, supondría un salto cualitativo muy importante en tu sitio web. Accesibilidad desde todo tipo de navegadores y dispositivos, colores y contrastes apropiados, tipos de fuente configurables y apropiadas para personas disléxicas o con problemas de visión, etiquetado que facilite la lectura automática por dispositivos para personas con problemas... hay un mundo entero de opciones que, si son bien implementadas, Google valora muy positivamente a la hora de posicionar un sitio.
Luego tenemos un sinfín de nuevas tecnologías, como el AMP, que pueden ser fácilmente articuladas en una web con 100% desarrollo propio pero difíciles de adaptar correctamente en un sitio complejo que usa WP, Joomla u otro CMS sin habr previsto inicialmente esa opción. Otras tecnologías como Web Light tampoco funcionan correctamente en algunos sitios complejos con CMS pero sí lo hacen en sitios básicos a base de HTML, PHP y algunos pocos scripts.
El punto de la seguridad es otro punto muy interesante. Cualquier CMS tiene importantes carencias en ese punto. Cuando no es el core de la herramienta, es un plugin y cuando no un bug de alguna actualización, pero un CMS siempre es un coladero constante que exige revisión y actualización permanente. Un desarrollo propio, si está bien desarrollado, es prácticamente inexpugnable. Y esto también cuenta cara al SEO. Nada mejor que un buen hackeo no detectado a tiempo para que Google tumbe tu web una larga temporada. Y entonces empiezas a aparecer en las listas negras de ip, o de mail spam, o en las páginas de antivirus más conocidas y se acabó todo.
Más adelante, cuando ya tienes un proyecto consolidado moviendo altas cantidades de tráfico hacer uso de un CMS genera nuevos y diversos problemas. Y estos problemas también afectan al SEO ya sea directa o indirectamente. No sería el primer caso que veo de una web que sin esperarlo de pronto posiciona en News o en Discovery y acaba con un bonito error 500 porque su WP mal optimizado ha sido incapaz de gestionar las cuarenta mil solicitudes que ha recibido en media hora. Y eso cara al SEO es muy negativo porque a Google no le agrada que sus usuarios vean errores en lugar de noticias y la próxima vez se lo pensará dos veces antes de colocarte en el top 1.
Cara al SEO todo absolutamente todo cuenta. Estos ejemplos y otros mil que te podría citar, sin embargo a menudo este tipo de cosas solo se aprenden cuando ya las has vivido en tu propio pellejo después de muchos desplomes y mucho tráfico perdido. Fíjate que te diría que los h1 y los h2 al final son lo de menos.
