Los hacks de los que te hablan más arriba son los más básicos.
Yo, por ejemplo, puse un hack que sólo un programador de nivel avanzado puede encontrar en mi script más reciente, para que no me lo roben en caso de subirlo a un host.
Si querías quitarlo, tenías que editar casi todo el script, ya que no era ni un eval() ni nada, sino estaba en la estructura. Así que si quieres tu web segura del todo, necesitarás a un experto.