Escucha tío, para subir a la raíz de Wordpress tienes que conectarte a la FTP del host que te aloja y buscar la raíz de tu Wordpress, hay miles de tutoriales por todo Internet y creo que ya he sido bastante claro
K
krusty72
Iota
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Por eso ya tienes la respuesta, subes el archivo javascript por FTP como te dijeron y después tienes que editar el index.php para que se ejecute el archivo.