saludos ynek, a ver como te lo explico... lo primero tienes que leer y tener claro donde has de subir el style, es fundamental para que no te dé errores, normalmente van en images, sube sólo lo que está dentro del upload, despreocúpate no te sobrescriben nada, pero también los hay que se instalan en el root y en cpstyles, si por un casual o falta de info lo colocas mal y no ves las imagenes, posiciona el cursor sobre.. la cabecera, en el logo por ejemplo y clica con el botón derecho del mouse, selecciona copiar ruta de la imagen y comprobaras pegando en el bloc de notas o en la barra de navegación donde se ubica, así corregirás la ruta caso de error.
suerte.