este tipo de problemas son normales en los servidores gratuitos, generalmente aceptan tatos registros en la misma zona de usuarios que es normal que haya cortes y cosas peores (en una ocasión a mí me reemplazaron contenido que tenía actualizado por una copia de hacía 2 años del sitio web...), si crees que es culpa de FileZilla puedes probar con Enlace eliminado, para mí es el mejor (no se corta y es mucho más avanzado que FileZilla), pena que ahora sea de pago o te meta algún plugin, barra o basura adicional por ahí...