DSO es más rápido para interpretar el php en los servidores. Pero no asigna nombre de usuario "owner" a las cuentas de hosting, por lo que no podrás darte cuenta muy fácilmente cuando un usuario (o una cuenta) este ocupando muchos recursos del servidor.
SuPHP te permitirá tener más control en ese aspecto... y si tienes muchos sitios en WordPress te convendrá más ya que podrás actualizar con un click desde el escritorio de wordpress, ya que wordpress funciona con usuario "owner".