Shopify es bueno, porque te simplifica la vida, es súper sencillo de usar y es todo en uno.
Lo malo es que barato no es, tomando en cuenta si vas iniciando y comparamos con lo que puedes ahorrarte montando tu propia tienda.
Yo he usado Prestashop y Woocommerce, ambas me gustan mucho pero depende de la tienda que vayas a desarrollar hay que tomar algunas cosas en cuenta.
Woocommerce es muy sencillo de usar (si ya tienes experiencia en WP)
Puedes elegir entre cientos o miles de plantillas gratuitas y puedes hacer casi cualquier cosa con plugins gratuitos.
Puede salirte muy barato 12 dólares del dominio y un buen hosting de $5 al mes.
Prestashop es un CMS especialmente diseñado para tiendas online y es fácil aprender a usarlo (la primera vez hice un curso gratis de Udemy y fue sencillo agarrarle la onda)
Puedes personalizarlo fácilmente y hay muchos addons gratis, pero también muchos de pago, en este punto considero que le gana Woocommerce, ya que hay más cosas gratis ahí o al menos más versiones Lite.
Yo elegiría Prestashop solo si la tienda que vaya a montar maneje muchos productos, por ejemplo más de 100.
Pero esto es basado en mi experiencia personal.