Hola, yo esto lo he hecho varias veces, y no solo fusionando los usuarios, sino también los artículos, categorías y otras cosas.
Simplemente si tienes las dos bases de datos en el mismo servidor de base de datos, crea vistas de las tablas que necesites compartir. Es decir, tendrás las bases de datos de dos joomlas instalados, da igual el prefijo de las tablas. De una de las bases de datos, renombras las tablas que gestionan los usuarios para poder conservarlas. Luego, desde esa base de datos, creas una vista de la tabla de usuarios de la otra base de datos del otro joomla. Cuidado, puede que sean mas de una tabla.
Con esto, los usuarios serán los mismos para los dos joomlas.
El proceso te llevará 5 minutos si te manejas con phpmyadmin.
Saludos!