No creo que afecte en absoluto, pero esa compresión a veces daña algunos archivos
Personalmente para acelerar Wordpress estoy usando WP Performance Pack, es un plugin que cumple varias funciones, cargar sólo las palabras que necesite el idioma a mostrar, acelerar el administrador de Wordpress, cargar los scripts sólo cuando se necesitan y no crear miniaturas de las imágenes (se crean al vuelo)
Si te refieres a la compresion que efectua Apache o Nginx al momento de enviar un archivo al cliente, la mayoría de sitios web lo hacen. La ganancia en menos bytes transferidos es aceptable aunque el uso de CPU aumente un poco.
Generalmente esos plugins de Wordpress para la compresión y similares, lo que hacen es ponerle la instrucción en el htaccess. Mejor ponle la instrucion a mano y un plugin menos que tienes instalado.