Te puede afectar únicamente si las terminaciones de tus paginas son las que estas bloqueando a google. De no ser asi, ten en cuenta que si tu sitio es nuevo, google anda tardando un poco en indexarlo.
Y el Webmaster tools también anda tardando bastante.
La mejor forma de saber que contenidos están indexados es tipear esto en la caja de busqueada: site:tusitio.com
Por cierto, el comando Allow es innecesario ya que se supone que si no tienes bloqueado ese contenido con el comando Disallow, el bot automáticamente sabrá que si puede indexarlo.