Hola, mira los blogs tienen realmente mucha información que distrae y eso provoca una caída importante del CTR. Mi consejo es que si son blogs que quieras monetizar mas agresivamente comienzes a quitar todo lo que no "produce" como el caso por ejemplo la nube de tags, los amigos de facebook, los mensajes de twitter, los comentarios, el boton de feedback, etc.
En cuanto a la posicion de los anuncios creo que están relativamente bien dentro de los artículos y hacia los costados superiores en el home.
Te recomiendo que también pruebes por ejemplo en el sitio de bebesalud.net de configurar los bloques para que muestren anuncios de solo textos, esos de acuerdo a mi experiencia aunque no parezca aumentan el CTR y el precio por click.
Trata de hacer más limpia la plantilla como por ejemplo puedes echar un vistazo a las plantillas pagas CTRtheme y clickbump que son optimizadas para adsense.
Saludos!