Dejo mi opinion, he trabajado tambien con los 3 CMS mencionados: Woocommerce, prestashop y magento, en servidores de la empresa donde trabajaba.
- Woocommerce es bueno para pocos articulos, quizás hasta 50, ya que es un plugin para wordpress, y wordpress es el rey para sitios webs y blogs, pero no le va tambien para sitios de ecommerce "pesados". El consumo de recursos (memoria, cpu) es minimo.
- Prestashop es un CMS excelente para 20 hasta 500 productos, la desventaja es que su tamaño es grande (como 100 MBs el codigo basico), tiene mil modulos, ademas que los plugins y los temas son caros. La apariencia del prestashop es intermedia, se debe trabajar mucho en la personalizacion grafica lo cual no es fácil. Tuvimos pesadillas con la caché, CPU y memoria que consumia el CMS, incluso con 20 visitas simultaneas.
- Magento es otro CMS excelente para 50 hasta infinitos productos, requiere de bastante servidor (dedicado), los plugins y temas tambien son caros, pero los graficos son muy profesionales. No consumia tantos recursos como prestashop.
En cuanto a SEO, pienso que el Woocommerce logra un SEO bastante rapido. Mi experiencia con el SEO de Prestashop no fue buena, es dificil de configurarle todo el seo onsite y hacerle un inter-enlazado. El SEO en Magento fue mas facil de lograr y obtuvo resultados más rapidos.