Para crear archivos EPUB que cumplan con los estándares de validación de Apple Books y Kobo, lo ideal es evitar editores visuales automáticos como Calibre para la edición final. La mayoría de los profesionales utilizan Sigil o Adobe InDesign para tener control total sobre el código HTML y CSS.
Es fundamental que el archivo pase correctamente el validador EPUBCheck. Si el error persiste, revisa que tu archivo tenga un archivo package.opf bien estructurado, que las rutas de las imágenes sean relativas y que no existan estilos CSS incompatibles o scripts incrustados que las plataformas rechacen por seguridad.
Si buscas una guía detallada sobre cómo estructurar tus archivos para cumplir con las normativas de publicación, te recomiendo consultar la documentación oficial de los portales de autores de Apple Books y Kobo Writing Life, donde especifican los requisitos técnicos exactos.