Sí, se lo puedes decir... Pero vamos yo no creo que si son pocos enlaces eso afecte de manera negativa al SEO, ahí lo que yo veo es un intercambio de enlaces con el fin de posicionar varias web, con beneficio para todas las partes... Otra cosa sería que se dedicaran a vender enlaces, etc... Lo puedes sugerir al cliente, pero vamos no creo que sea poco ético si luego los enlaces los compensa de otra forma. Habría que tener en cuenta muchas variables, cómo cuànto le ha pagado a la empresa, etc... Porque si le estaba pagando muy poco es normal que tuvieran que recurrir a ese tipo de prácticas... Si le estaba pagando bastante bien y ahorrándose el gasto en enlaces, ya es diferente.
Otra cosa te aconsejo, ten cuidado con eliminar todos los enlaces que veas por la web de golpe... que eso puede hacer caer la web. Hazlo poco a poco.