el ftp es conveniente usarlo cuanto estas desarrollando o cambiando el codigo de una pagina, o cuando queres instalar manualmente un script .
por ejemplo la mayoría de las personas instalan wordpress de forma automática desde el cpanel con softacoulous, pero muchos otros prefieren hacerlo manualmente desde ftp porque consideran que logran una instalación mas limpia o lo que sea.
otro caso es , si queres darle acceso a un programador a una pagina de tu sitio lo podes hacer vía ftp y no darle el acceso a todo el sitio mediante cpanel.
en definitiva son cosas diferentes y complementarias ...
por ejemplo si queres dar permisos a una pagina es mas fácil hacerlo desde el ftp, pero si queres cambiar la versión de php , apache o lo que sea es mas facil desde el cpanel.