Cumplen funciones diferentes.
VIDEOPROC permite convertir vídeo y también permite "reempaquetar" (o sea convertir sólo partes que necesitan conversión y dejar las otras intactas).
BOX4 no hace conversión de vídeo como tal, sólo reempaqueta. Es decir que coge un archivo de vídeo y sólo convierte lo necesario. Como no es un convertidor apenas dispone de opciones (no puedes indicar calidad ni nada parecido) y por otro lado sólo admite 2 formatos de salida: mp4 y mkv.
Si lo que quieres es simplemente reempaquetar BOX4 va de lujo.
Si quieres convertir VIDEOPROC es la opción que buscas (aunque también hace reempaquetado a mí no me ha funcionado para visualizar el archivo convertido en mi televisor).