Diferencias en la opción Rebuild Search Index

Pues dentro de esa opción, hay otra ke pone
Note: If you are reindexing, you may want to empty the indexes. Click Here to do so!

ke diferencia hay con la de Rebuild??No hacen la misma función?

es una sola opcion, vos mismo decis que esa otra esta dentro de la primera, ergo se refiere a esa misma, el msj dice "si estas reindexando, talvez quieras vaciar los indices. haz click aqui para hacerlo"

en resumen, si queres reindexar, antes borra el indice que ya tenes para que la reindexacion se realice sin problemas