Esto es algo sobre lo que se ha debatido largo y tendido en muchas comunidades Seo, yo personalmente creo que en el caso concreto de Google los enlaces con el atributo Nofollow si son contados para el posicionamiento pero con la puntuacion que merecen.
Es decir si utilizamos la logica pensando por ejemplo en un ariticulo normal escrito en cuarquier blog podemos pensar que un enlace en medio del texto del blog Follow puede estar hay por que es relevante al contenido y al contexto y por tanto es necesario enlazar a dicha pagina, en cambio podemos enlazar de igual manera a una pagina con el atributo Nofollow por que es un sitio que tambien se hace eco de la noticia, por ejemplo en un tracbak.
El caso es que tanto el enlace con atributo Nofollow como el que no lo lleva tienen algo que ver con el contenido y por tanto son relevantes tanto para el contexto del articulo como para el usuario que lo esta leyendo y por tanto Google deberia tenerlos ambos en cuenta.
Logicamente tambien pienso que si el editor del articulo a querido restar importancia a uno de los enlaces con el atributo Nofollow eso tambien debe ser considerado por Google y por tanto no debe valorar ese enlace de igual manera para el posicionamiento de la pagina.
No obstante esto es solo una teoria mia, son muchos los que piensan que el atributo Nofollow hace que el enlace sea invalido para posicionamiento y no tengo pruebas feacientes de que esto no sea asi.
Un saludo