En VPS tenes que instalar todo manualmente mientras que en hosting ya viene por ej con cPanel que incluye AutoSSL que genera una ejecución de comando que nunca verás, en tu caso quizás te convenga pedirle a tu proveedor que lo instale o contratar a alguien para ello, pero te doy un detalle, tenes que tener el VPS funcionando sobre un dominio para que
https://letsencrypt.org/en/docs/ Let's Encrypt se instale correctamente, aunque también podes optar por otro tipo de SSL e incluso tenes la firma de Cloudflare si tan solo queres SSL. En todo caso siempre te voy a recomendar que solicites ayuda a tu proveedor o contrates a alguien que trabaje en este ámbito, así para futuros problemas o configurar el CRON de los SSL te pueda dar una mejor mano