Hola Pablo
La documentación es algo que no afectará en el funcionamiento de la plantilla o tema de Wordpress, por lo que técnicamente lo puedes subir donde quieras, no afectará a nada ni nadie.
Por cuestiones de organización, te recomiendo hacer una carpeta que diga Documentacion y ahí la ubicas, así será mucho más intituivo.
Saludos y espero que ayude.
😛irate: