Duda al Organizar mis Webs en mi hosting

Buen día amigos del foro, tengo una cuenta en bluehost multidominio, empeze con una página "x1" que la subí al FTP y todas las carpetas está dentro del public_html (osea las carpetas de mi web como css, js, asi....), pero ahora tengo 2 webs más "x2" y "x3" y están combinadas con las demás carpetas de la primera web "x1" no sé si me dejo entender... esta bien hacerlo así?, afecta al seo tenerlas en ese orden? (o desorden mejo dicho :topsy_turvy espero sus respuestas!! Saludos!!

No, no te afecta en nada.

puedes crear carpetas diferentes a tu pagina inicial, es decir no es necesario meterlas dentro de public, yo solo tengo mi pagina principal en la carpeta public htlm, y las demas estan en carpetas independites y no he tenido problemas.
me parece que le da mas orden y no mesclas carpetas y archivos de tus paginas web

gracias por responder amigos, mi intención es ponerlas en orden, [MENTION=110655]kharel[/MENTION] me podías decir como haría eso?, yo soy novato y tengo entendido que si no publico en public_html las carpetas no se verían en internet...a ver si saco esas carpetas y los pongo en la misma lista que public_html, (osea ya no estaría dentro, sería su compañera), a eso te refieres?...:s