En principio no es necesario tocar la plantilla a nivel de fichero. Para ello existen muchas opciones como adquirir una plantilla ajustada a tus necesidades (hay webs que ofrecen plantillas por precios razonables ). Por otro lado añadir links puede llevarse a cabo en el editor de artículos tanto a nivel de código fuente (icono "<>") como con el motor joomla (icono de la cadena) o incluso creando un menú. Tocar la plantilla a veces es necesario pero en mi opinión para tocar la plantilla mejor construir una nueva por tu parte ajustada a tus necesidades. Te recomiendo, si puedes, que te hagas con un par de libros de Joomla, en concreto uno para comprender la estructura y otro para construir plantillas. Existen muy buenas opciones en este asunto.
Espero haber sido de utilidad.
Un saludo.