Ejecutarlo imposible, JS se ejecuta del lado del cliente, al momento de correr el script en PHP no vas a poder ejecutar nada, lo que creo que estas intentando hacer es generar JS dinamicamente con un script php, eso podes al igual que como haces con html.
<html>
<head>
<!-- Foo bar -->
<script>
funcionTest(<?=$variable?>){
//funcionamiento
}
</script>
</head
<body>
<!-- Foo bar -->
</body>
</html>