Hola kaostech.
El error "MySQL server has gone away" te indica que el servidor ha agotado su tiempo de ejecución, se ha reiniciado MySQL mientras estabas realizando esa acción, o simplemente no responde a la solicitud que has enviado. Las causas más comunes de ese error son:
+ El servidor ha agotado el tiempo de espera y ha cerrado la conexión. Por defecto, el servidor cierra la conexión después de 8 horas o 28800 segundos de que se haya empezado a ejecutar un script. Puedes cambiar el valor fijado en la variable wait_timeout en el archivo my.cnf. Si no estás en un servidor dedicado, deberás contactar a tus proveedores de hosting, y pedirles que aumenten el valor de esa variable al menos a 28800, si es que está establecida a menos.
+ Cuando se ejecuta una consulta SQL muy larga o errónea. Si mysql recibe un paquete muy grande, o fuera de orden, éste lo interpreta como un error y cierra la conexión. Puedes resolver eso editando la variable max_allowed_packet que también se encuentra en el archivo my.cnf
+ O la otra causa, MySQL ha sido reiniciado mientras ejecutabas el script del sitemap.
En resumen, es un problema con tu servidor. Deberás contactar a tus proveedores de hosting, notificándoles acerca del error, y sugerirles que aumenten el valor de esas variables.