Yo también te recomiendo poner los anuncios de forma manual en la plantilla (home, categorías, etiquetas etc).
Para los post, como dice [MENTION=38912]JaviBernal[/MENTION], Quick AdSense va genial, ya que te permite establecer límites de anuncios por páginas, alinearlos al contenido y un montón de opciones más.
El CPC y CTR solo varía en función del tráfico que tengas, la ubicación de tus anuncios y de la cantidad de anunciates que pujen por tus bloques, por lo que usar uno u otro plugin no cambia nada.
Recuerda, cuanto más arriba y cerca del contenido, mejor
😉
Suerte!
PD: hace tiempo hice un megapost muy completo sobre AdSense para optimizarlo paso a paso, lo dejo aquí por si te sirve >
Tutorial AdSense, secretos y trucos para optimizar ingresos