Lo que debes hacer en estos casos es realizar una redireccion 301 del dominio que quieres eliminar al dominio que deseas mantener, logicamente la 301 debe estar dirigida tambien a todas las entradas para que los buscadores puedan ver que el dominio que no existe es ahora el actual.
Sin hacer una redireccion 301 tu contenido sera duplicado hasta que los buscadores eliminen de su indice el sitio eliminado, dependiendo de las paginas indexadas esto puede tardar dias o meses.
Yo realmente no me arriesgaria, es tan sencillo como utilizar una regla 301 para evitar cualquier tipo de problema en este caso.
Un saludo